Зрелая мРНК
12 соединённых экзонов
ОТ ГЕНА К ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
siRNA Lab
Выберите транскрипт. Отберите участки. Проверьте совпадения.
ADA / NM_000022.2 / hg19
ADA: до и после сплайсинга
Реальные референсные данные человека: один фиксированный транскрипт ADA, NM_000022.2, сборка hg19/GRCh37. Обе формы РНК реконструированы по геномной последовательности и разметке экзонов; это не измерение РНК пациента.
Пре-мРНК
12 экзонов11 интронов
Сравнение двух форм: фиксированный скрининг
Окно 21 нт, GC 30–60%, исключены серии из четырёх одинаковых оснований. Числа — все прошедшие окна, а не лучшие молекулы и не прогноз эффективности.
| Форма | Длина, нт | Всего окон | Прошли фильтры | В экзонах | В интронах | На границах |
|---|
Ниже можно отдельно проверить одну форму с выбранными параметрами. Изменение параметров не меняет фиксированную таблицу сравнения. Граница в мРНК — соединение двух экзонов; в пре-мРНК — переход экзон–интрон.
Источники и проверка реконструкции
Обе формы и разметка JSON · Геномный участок и строка refGene · Лицензия исходного снимка · Разбор примера
Анализ выполняется отдельно для выбранной формы. Обычная siRNA преимущественно используется против зрелой мРНК. Скрининг пре-мРНК не подтверждает действие в ядре или изменение сплайсинга; для таких задач отдельно рассматривают ASO. Другая форма этого примера не используется как база off-target для другой.
Результат — кандидаты для исследования. Программа не определяет эффективность и не создаёт готовый лекарственный препарат.
РАБОЧАЯ ОБЛАСТЬ
Начните с последовательности
Найдите ген в Ensembl или загрузите свой FASTA.
Пример F11 позволяет проверить весь путь без настройки.
01 Транскрипт02 Участки РНК03 Совпадения
Результаты отбора
Числа в таблице — число транскриптов
| Участок | Guide, 5′ → 3′ | GC | Точные guide | 1 замена guide | Seed 7 guide | Точные passenger |
|---|
Нажмите на строку для просмотра пары и совпадений. «—» означает, что проверка не выполнена. Ноль означает отсутствие совпадений только в выбранной базе.
Источник последовательности и ход расчёта
МЕТОД И ГРАНИЦЫ ПРИМЕНЕНИЯ
Что именно проверяется
Guide — обратная комплементарная последовательность выбранного участка. Passenger показана как последовательность этого участка. Это спаренные области без дизайна выступов и химических модификаций.
Для обеих цепей ищутся полные совпадения и совпадения с одной заменой. Seed — позиции 2–7 и 2–8 каждой цепи: для них отдельно ищутся короткие комплементарные участки по всей загруженной РНК. Это не отдельный анализ 3′ UTR и не оценка безопасности.
Фильтры GC и повторов — простые правила первичного отбора. Метод siDirect здесь не воспроизведён. Доступность участка, термодинамика, доставка и действие в клетке требуют отдельной проверки.