# ADA: один пример скрининга зрелой мРНК и пре-мРНК

Ген: ADA (Homo sapiens). Транскрипт: NM_000022.2. Референс: UCSC hg19 / GRCh37.
Геномный интервал: chr20:43248163–43280376 (1-based inclusive), минус-цепь.

Обе формы реконструированы из реальных сохранённых референсных данных. Это не экспериментально измеренные РНК пациента. Кеп, поли(А)-хвост и РНК-редактирование не моделируются. Пример показывает сплайсинг и скрининг последовательностей, а не обоснование ADA как мишени для подавления.

## Проверка данных

- Реальный геномный участок: 32214 нуклеотидов, без неизвестных оснований.
- Обратный комплемент учитывает минус-цепь; РНК записана 5′ → 3′, T заменён на U.
- 12 экзонов и 11 интронов. Соединение экзонов точно даёт мРНК длиной 1532 нт.
- Кодирующий участок: 1092 нт, AUG…UGA, без внутренних стоп-кодонов.
- 460 геномных позиций согласованы с отдельным файлом того же исходного снимка. Это внутренняя проверка, не независимая экспериментальная валидация.

## Фиксированный результат

Окно: 21 нт. GC: 30–60%. Серии из четырёх одинаковых оснований исключены. Рассмотрены все окна обеих форм. Совпадающие последовательности в разных позициях считаются разными окнами.

| Форма | Длина | Всего окон | Прошли | В экзонах | В интронах | На границах |
| --- | ---: | ---: | ---: | ---: | ---: | ---: |
| Зрелая мРНК | 1532 | 1512 | 669 | 600 | 0 | 69 |
| Пре-мРНК | 32214 | 32194 | 15587 | 600 | 14815 | 172 |

У зрелой мРНК границы означают соединения экзонов, у пре-мРНК — переходы экзон–интрон. Совпадение числа 600 внутри экзонов ожидаемо: экзонные последовательности в двух формах одинаковы. Большинство дополнительных окон пре-мРНК находятся в интронах; это не преимущество по эффективности.

## Что можно заключить

Показана согласованная пара референсных последовательностей и воспроизводимый первичный отбор. Переход от доли прошедших окон к эффективности, безопасности или числу пациентов не выполняется. Off-target без загруженного референсного транскриптома не проверяется. Скрининг пре-мРНК не подтверждает доставку siRNA в ядро или воздействие на сплайсинг. В интерфейсе 30 кандидатов выбираются по положению, а не по прогнозируемой активности.

## Происхождение

Исторический открытый снимок Counsyl pyhgvs, MIT, commit `ab9b95f21466fbb3265b5bd818ccab0c926ca59f`. Это не текущий RefSeq и не GRCh38. Под именем NM_000022.2 в исходном тестовом FASTA сохранён геномный участок, а не зрелая мРНК; он обработан соответственно.

- https://raw.githubusercontent.com/counsyl/hgvs/ab9b95f21466fbb3265b5bd818ccab0c926ca59f/pyhgvs/tests/data/test_refseqs.fa
  SHA-256: `f1b1899951136fe679d6c3f2bc088228653bcd6d7f52513ba96bfba660e2c4c8`
  Сохранённые геномные участки hg19. Запись NM_000022.2 здесь содержит НЕ зрелую мРНК, а геномный участок длиной 32214 нт.

- https://raw.githubusercontent.com/counsyl/hgvs/ab9b95f21466fbb3265b5bd818ccab0c926ca59f/pyhgvs/data/genes.refGene
  SHA-256: `079bba13e9a401cb498e79d4738ff84a4e2353977816f32f08fffbd548f968db`
  Разметка UCSC refGene: NM_000022.2, ADA, chr20, минус-цепь; координаты исходного файла 0-based, end-exclusive.

- https://raw.githubusercontent.com/counsyl/hgvs/ab9b95f21466fbb3265b5bd818ccab0c926ca59f/pyhgvs/tests/test_hgvs_names.py
  SHA-256: `40ae69e6ebcbcfdaa6927d232cb20f06f5ad060beeb785ba6d6a6757e433497f`
  В исходных тестах указан референс hg19.fa.

- https://raw.githubusercontent.com/counsyl/hgvs/ab9b95f21466fbb3265b5bd818ccab0c926ca59f/pyhgvs/tests/data/test_hgvs.genome
  SHA-256: `41c834a1e24398d466092de53b163b06ba289a1ac54c846c32202ff26d9e5f6e`
  Внутренняя перекрёстная проверка 460 геномных позиций. Это не независимая экспериментальная валидация.

Локальные данные: `rna-pair-example.json`, `ada-example-source.json`. Исходная лицензия: `ada-example-source-LICENSE.md`.